I enkeltsaker som både krever dispensasjon etter plan- og bygningsloven og avklaring/tillatelse etter særlov, herunder jordlov, veglov, jernbanelov, naturmangfoldlov, friluftslov, lov om kulturminner, forurensningslov, saltvannsfiskeloven, havressursloven, havne- og farvannsloven eller vannressursloven, kan det oppstå samordningsproblemer. For å unngå unødig saksbehandling og tidsbruk, anbefales at den omsøkte arealbruken først vurderes etter plan- og bygningsloven, som er den sektorovergripende loven.
Et eventuelt positivt dispensasjonsvedtak fritar ikke for behandling etter særlov, men denne vil kunne bli enklere dersom berørte sektormyndigheter har hatt saken til vurdering etter plan- og bygningsloven. Dersom en søknad avslås etter plan- og bygningsloven, kan søker likevel kreve behandling etter særlov. Ev. tillatelse etter særlov vil i så fall ikke få betydning uten at det gis dispensasjon etter plan- og bygningsloven, eller dersom den aktuelle arealplanen endres slik at dispensasjon ikke lenger er nødvendig. Fylkeskommunen foretar en samtidig behandling av planen/saken etter plan- og bygningsloven og kulturminneloven.